Dom Gorgônio nasceu em 17 de setembro de 1949, no bairro de Caieira, em Fartura (SP), filho de Januário da Encarnação (in memoriam) e Maria Conceição Nóbrega da Encarnação. Foi batizado na Igreja Matriz Nossa Senhora das Dores em 1º de outubro de 1949, pelo Pe. Quintilhano Rosa. Recebeu o sacramento da Crisma em 5 de agosto de 1951 e a Primeira Eucaristia em 2 de julho de 1957, na mesma paróquia.

Entre 1957 e 1961, cursou o ensino fundamental na Escola Estadual de Primeiro Grau “Coronel Marcos Ribeiro”. Em 1961, ingressou na primeira turma de seminaristas menores do Seminário São Pio X, dos Padres Teatinos do Brasil, onde também concluiu o ensino médio e iniciou o noviciado.

Cursou Filosofia no Mosteiro de São Bento, em São Paulo, entre 1968 e 1970, e Teologia no Instituto Teológico de São Paulo (ITESP), de 1971 a 1974. Durante esse período, também se especializou em Pedagogia na Universidade de Mogi das Cruzes (SP).

Foi ordenado diácono em 7 de agosto de 1974, na Paróquia São Geraldo, em Guarulhos (SP), por Dom Paulo Rolim Loureiro, que também o ordenou presbítero em 22 de dezembro do mesmo ano, na Igreja Matriz de Fartura (SP).

Por mais de 21 anos, Dom Gorgônio atuou como pároco da Paróquia Nossa Senhora das Dores, em Fartura. Em 15 de abril de 1998, foi nomeado pelo Papa São João Paulo II como o primeiro bispo da recém-criada Diocese de Itapetininga (SP). Sua ordenação episcopal e posse ocorreram em 19 de julho do mesmo ano, na Catedral Nossa Senhora dos Prazeres, presidida por Dom José Lambert (in memoriam), então Arcebispo de Sorocaba.

Em setembro de 2024, ao completar 75 anos, apresentou sua carta de renúncia ao Papa Francisco, conforme as normas do Código de Direito Canônico. Permaneceu no governo da Diocese até 25 de fevereiro de 2025, quando foi nomeado seu sucessor. A transição foi concluída com a posse de Dom Luiz Antonio Lopes Ricci em 24 de abril de 2025.

Atualmente, Dom Gorgônio reside na Diocese de Itapetininga como bispo emérito. Continua atuando pastoralmente como vigário na Paróquia Nossa Senhora das Estrelas, em Itapetininga, e, desde 28 de abril de 2025, exerce também a função de ecônomo, por nomeação de Dom Luiz.